Secara default url CI adalah seperti berikut ini 

http://localhost/NamaAplikasi/index.php/NamaController

Caranya:

Buat file dengan nama .htaccess di www root Anda. 
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

Buka file config.php, set 
$config['index_page'] = ''